După ce s -a stabilit în Green Hills, Sonic este dornic să demonstreze că are ceea ce este nevoie pentru a fi un adevărat erou. Testul său vine atunci când dr. Robotnik se întoarce, de data aceasta cu un nou partener, Knuckles, în căutarea unui smarald care are puterea de a distruge civilizațiile. Sonic face echipe cu propriul său coleg, Tails și împreună se îmbarcă într-o călătorie care trotează globul pentru a găsi smaraldul înainte de a cădea în mâinile greșite.