La șase ani de la evenimentele din seria X-Files, fostul agent al FBI, Dana Scully, este acum medic de personal la Lady of Sorrows, un spital catolic și tratează un băiat pe nume Christian care are boala Sandhoff, o afecțiune a creierului terminal. Agentul FBI Drummy ajunge să ceară ajutorul lui Scully în localizarea Fox Mulder, fostul șef fugar al Diviziei X-Files și spune că își vor chema manhunt-ul pentru el dacă va ajuta la investigarea disparițiilor mai multor femei, inclusiv a tânărului agent FBI Monica Banan. Mulder și Scully sunt chemați la datorie de către FBI atunci când un fost preot susține că primește viziuni psihice referitoare la un agent răpit.